Le Cousin est une rivière d’une longueur de 66,7 km. Il prend sa source à cheval sur les départements de la Nièvre et de la Côte d’Or, à 610 m d’altitude, à environ 400 m à l’Est du carrefour de la Chapelle (croisement de la D229 avec la D20).

Il traverse les communes de Alligny-en-Morvan (Nièvre), Saint-Agnan (Nièvre), Champeau-en-Morvan (Côte-d’Or), Quarré-les-Tombes (Yonne), Saint-Léger-Vauban, Saint-Brancher, Cussy-les-Forges, Beauvilliers, Magny, Avallon, Pontaubert, Vault-de-Lugny, Givry et se jette dans la Cure (puis l’Yonne et la Seine).